乱斗西游2的副本体系设计得等于丰盛，为玩家提供了多样化的挑战和资源获取途径。其副本主要可以归纳为多少大的类别，包括常规剧情副本、精英副本、实时组队副本以及独特活动主题副本。这些副本构成了玩家游戏尝试的核心部分，每一种都对应着不同的方法目标和奖励机制，让玩家在推进主线故事、提高英雄实力以及参和限时活动主题等方面都能找到对应的挑战内容。

常规剧情副本，也被称为章节副本，是推进游戏主线故事的核心方法。通常每一章包含多个关卡，玩家需要逐一通关以解开后续剧情和功能。这是玩家在游戏前期获取元宝和基础装备强化材料的重要来源，通关后还能解开扫荡功能，方便重复获取资源。精英副本则是剧情副本的进阶挑战，其难度显著进步，但相应的，第一次通关会掉落更珍贵的奖励，如英雄灵魂和稀有装备碎片。这类副本通常有每天扫荡次数限制，需要玩家合理安排挑战规划。

除了个人挑战的副本外，游戏还注重团队协作尝试，这便是实时组队副本存意义。这类副本需要2至3名玩家在线协作完成，例如叱咤倾锋·心魔劫等动态关卡，特别考验队伍的配合和战略执行。成功挑战后，玩家可以获取金色法宝更新材料等顶级资源。游戏会不定期推出独特活动主题副本，如鹊桥仙、幻世风华等，这些副本具有明显的时效性，通常结合节日或特定主题设计，通关后能用于兑换限量时装或稀有活动主题道具，是玩家收集特色物品的决定因素渠道。

游戏内还存在一些以周常或日常形式出现的副本挑战。例如主城副本中也许遇到的隐藏BOSS，玩家每周有固定次数挑战机会，击败后能获取凌云壁、紫霄流魄等顶级材料。日常的三界平乱任务也具备副本挑战特性，是概率获取技能书等资源的稳定途径。围绕帮派展开的方法，如帮派BOSS烛龙战，同样需要玩家组织特定阵型进行挑战，属于多人协作的副本方法。这些日常和周常副本共同构成了玩家资源循环的重要一环。